云南省共有7所三本批次招生的大学参与了2016云南三本大学排名，其中排名第一的是昆明医科大学海源学院，排名第二的是云南大学滇池学院，排名第三的是云南师范大学商学院，排名前5的大学还有云南艺术学院文华学院、云南经济管理学院。
以下是云南三本大学排名2016具体榜单，根据理科三本录取平均分排名。
| 云南三本大学排名 | 学校名称 | 所在地 | 录取批次 | 录取线差 | 省市分数线 | 录取平均分 |
| 1 | 昆明医科大学海源学院 | 云南 | 本科三批 | 35 | 380(第三批) | 415 |
| 2 | 云南大学滇池学院 | 云南 | 本科三批 | 32 | 380(第三批) | 412 |
| 3 | 云南师范大学商学院 | 云南 | 本科三批 | 25 | 380(第三批) | 405 |
| 4 | 云南艺术学院文华学院 | 云南 | 本科三批 | 13 | 380(第三批) | 393 |
| 5 | 云南经济管理学院 | 云南 | 本科三批 | 12 | 380(第三批) | 392 |
| 6 | 云南大学旅游文化学院 | 云南 | 本科三批 | 11 | 380(第三批) | 391 |
| 7 | 云南工商学院 | 云南 | 本科三批 | 11 | 380(第三批) | 391 |
昆明医科大学海源学院
昆明医科大学海源学院（KUNMINGMEDICALUNIVERSITYHAIYUANCOLLEGE），位于云南昆明，是昆明医科大学联合昆明富达发展实业集团，于2001年6月经云南省教育厅批准创办，2004年通过国家教育部首批审核确认的“独立学院”，是云南省唯一一所医学类本科独立学院。
云南大学滇池学院
云南大学滇池学院（YunnanUniversityDianchiCollege），位于云南昆明，是由云南省唯一的全国重点大学及“211工程”大学云南大学申办并经教育部批准的独立学院。自2001年创办以来，凭借云南大学先进的办学理念、雄厚的综合实力和学校灵活的办学机制，已经形成经、法、教育、文、理、工、管、艺术多学科协调发展，以培养高素质应用型人才为主的普通本科高等学校。学校现有10个二级分院、2个公共教学部，44个本科专业，全日制在校学生18000余人，分别来自全国27个省（市、区），是云南省规模最大的独立学院。建校十余年来，为社会培养了25000余名优秀毕业生，在全国具有较高知名度的独立学院。
云南师范大学商学院
云南师范大学商学院（YunnanNormalUniversityBusinessSchool）是经教育部审批，由云南师范大学利用社会投资按新的机制和新的模式举办的独立学院，属普通高等教育本科层次。截至7月，学校共有两个校区，学院本部（海源校区）坐落在昆明市高新技术开发区内，在校学生18000余人，两校区占地1000余亩，建筑面积46.3万平方米；教职工近千人，专兼职教师1000余人。现开设有36个本科专业66个专业方向，学校图书馆藏书190余万册。被昆明市人民政府命名为“花园式单位”。
