截止2013年，学校设有7个学部、27个学院，涵盖工、理、管、文、法、经、哲、教育、医和艺术10个学科门类，在59个本科专业招生。
| 学部 | 院系 |
|---|---|
| 航空基础部 | 能源与动力工程学院航空科学与工程学院 |
| 航天基础部 | 可靠性与系统工程学院宇航学院仪器科学与光电工程学院 |
| 信息基础部 | 计算机学院软件学院 |
| 电子基础部 | 电子信息工程学院自动化科学与电气工程学院 |
| 机械基础部 | 材料科学与工程学院机械工程及自动化学院交通科学与工程学院 |
| 理学基础部 | 数学与系统科学学院生物与医学工程学院物理科学与核能工程学院 高等工程学院化学与环境学院 |
| 文管基础部 | 经济管理学院人文社会科学学院外国语学院法学院 新媒体与艺术设计学院人文与社会科学高等研究院 |
| 其他 | 中法工程师学院思想政治理论学院飞行学院 |
一级学科国家重点学科（总量位居全国第七） | |||
管理科学与工程 | 航空宇航科学与技术 | 计算机科学与技术 | 控制科学与工程 |
材料科学与工程 | 仪器科学与技术 | 机械工程 | 力学 |
二级学科国家重点学科 | |||
人机与环境工程 | 系统工程 | 测试计量技术及仪器 | 航空宇航制造工程 |
车辆工程 | 航空宇航推进理论与工程 | 飞行器设计 | 计算机应用技术 |
计算机软件与理论 | 计算机系统结构 | 导航制导与控制 | 模式识别与智能系统 |
检测技术与自动化装置 | 控制理论与控制工程 | 通信与信息系统 | 电磁场与微波技术 |
材料加工工程 | 材料学 | 材料物理与化学 | 精密仪器及机械 |
机械设计及理论 | 机械电子工程 | 机械制造及其自动化 | 工程力学 |
流体力学 | 固体力学 | 一般力学与力学基础 | 管理科学与工程 |
教育部第三轮全国高校学科评估结果发布，北京航空航天大学共有18个学科参评，其中有6个学科排在全国前5位，有13个学科排在全国前10位，航空宇航科学与技术、仪器科学与技术两个学科位居全国第一。
代码 | 学科名称 | 排名 | 代码 | 学科名称 | 排名 |
0825 | 航空宇航科学与技术 | 1 | 0805 | 材料科学与工程 | 8 |
0804 | 仪器科学与技术 | 1 | 0807 | 动力工程与工程热物理 | 9 |
0801 | 力学 | 2 | 0802 | 机械工程 | 10 |
0811 | 控制科学与工程 | 4 | 0810 | 信息与通信工程 | 10 |
0812 | 计算机科学与技术 | 4 | 1204 | 公共管理 | 12 |
0835 | 软件工程 | 4 | 0803 | 光学工程 | 15 |
0831 | 生物医学工程 | 6 | 0809 | 电子科学与技术 | 15 |
1201 | 管理科学与工程 | 6 | 0502 | 外国语言文学 | 27 |
0823 | 交通运输工程 | 7 | 0301 | 法学 | 29 |
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