员工住宿费是可以根据用途的不同用于抵扣的，除了以下情况不得抵扣其他情况可以抵扣：
住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
其次开票方的纳税人规模不同抵扣率也有所不同，具体如下：
住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税专用发票抵扣率为3%；
住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税专用发票抵扣率为6%；
政策参考：
财政部 国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税(2016)36号附件一《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条规定：下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产（不包括其他权益性无形资产）、不动产。纳税人的交际应酬消费属于个人消费。
购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。另《附件1：营业税改征增值税试点实施办法》中（附：销售服务、无形资产、不动产注释）其中餐饮住宿服务属于现代服务征税范围中的“生活服务”。
餐饮住宿服务。餐饮住宿服务，包括餐饮服务和住宿服务。
餐饮服务，是指通过同时提供饮食和饮食场所的方式为消费者提供饮食消费服务的业务活动。
住宿服务，是指提供住宿场所及配套服务等的活动。包括宾馆、旅馆、旅社、度假村和其他经营性住宿场所提供的住宿服务。
公司员工出差不同情况的具体案例分析
公司员工出差，收到小规模纳税人酒店自行开具的“住宿费”增值税专用发票可以按照3%进行抵扣。
借：管理费用-差旅费 300元
应交税费-应交增值税（进项税额）9元
贷：库存现金 309元
公司员工出差，收到一般纳税人酒店自行开具的“住宿费”增值税专用发票可以按照6%进行抵扣。
借：管理费用-差旅费 300元
应交税费-应交增值税（进项税额）18元
贷：库存现金 318元
公司接待客户，收到一般纳税人酒店自行开具的“住宿费”增值税专用发票，即便是认证相符也不得抵扣。
借：管理费用-业务招待费 300元
应交税费-应交增值税（进项税额）18元
贷：库存现金 318元
做进项税额转出借：管理费用-业务招待费 18元
贷：应交税费-应交增值税（进项税额转出）18元
公司组织员工旅游，收到一般纳税人酒店自行开具的“住宿费”增值税专用发票，即便是认证相符也不得抵扣。
借：应付职工薪酬-福利费 300元
应交税费-应交增值税（进项税额）18元
贷：库存现金 318元
做进项税额转出借：应付职工薪酬-福利费 18元
贷：应交税费-应交增值税（进项税额转出）18
案例总结：
企业员工出差发生的住宿费取得增值税专用发票，可以按照正常进项税额抵扣。
实务中，用于集体福利或者个人消费，发生的住宿费不能进项税额抵扣，如企业年会属于福利费，发生的住宿费不能进项税额抵扣；再如企业招待费中，发生的住宿费不能进项税额抵扣。
需要提醒的是，企业发生的住宿费取得增值税专用发票，能否抵扣，是看住宿费的“用途”，不是看发生地，所以，企业在自己经营地或注册地发生的住宿费，取得增值税专用发票，也可以抵扣。
员工出差的住宿费专用发票能抵扣吗？整体上来说，员工的住宿费用是可以根据使用途径的不同进行抵扣的，除了一些特殊情况外。当然开票的纳税人规模不同抵扣的税率也是不同的。
