在所得税法及其实施条例中，分别对企业的应纳税所得额及应纳税额分别做了具体的政策规定。随后，国家税务总局发布的《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表(A类)》(以下简称“纳税申报表”)也对应纳税所得额及应纳税额在实务操作中的计算方法进行了明确。但两者对于应纳税所得额及应纳税额计算方法的规定却不尽一致。
一、所得税法及其实施条例的规定
所得税法第五条规定，企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
所得税法实施条例第七十六条规定，应纳税额=应纳税所得额×适用税率-减免税额-抵免税额。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例释义及适用指南》(以下简称“适用指南”)对实施条例第七十六条适用税率的解释为“被认定为不同类型的企业，其适用的税率是不同的，如被认定为小型微利企业，其适用税率为20%;被认定为属于国家需要重点扶持的高新技术企业，其适用税率为15%;其他企业则适用25%的税率”。不难看出，对于不同类型的企业，在计算应纳税额时，应采用不同的适用税率计算。
适用指南对实施条例第七十六条减免税额的解释为“直接的减免税，企业所得税法是在第二十七条中，本条例第八十六条至第九十一条则对其作了具体的税收优惠方式规定”。也就是说，所谓的减免税项目，指的是所得税法第二十七条和实施条例第八十六条至第九十一条所规定的项目。
二、纳税申报表的规定
根据纳税申报表，应纳税所得额=利润总额+纳税调整增加额-纳税调整减少额+境外应税所得弥补境内亏损-弥补以前年度亏损
从纳税申报表可以看出，减免税项目所得是纳税调整减少额项目中的一项内容。根据纳税申报表附表五，减免税项目所得的内容正是所得税法第二十七条和实施条例第八十六条至第九十一条所规定的内容。
根据纳税申报表，应纳税额=应纳税所得额×25%-减免所得税额-抵免所得税额
不难看出，在纳税申报表中，在计算应纳税额时，直接采取25%的所得税率，不再区分企业类型。通过纳税申报表附表五可以看出，减免所得税额则是指符合条件的小型微利企业、国家需要重点扶持的高新技术企业、过渡期税收优惠等可以减免的所得税额。
三、两者的差异及影响
通过以上比较，可以看出两者的差异主要表现在两个方面，一是适用税率的差异，二是减免税项目的差异。这两种差异在大多数企业计算应纳企业所得税税额时，由于不涉及减免税项目或涉及的减免税项目较少，一般不会产生差异。但对于个别减免税项目较多，且收入总额不大的企业，由于减免税项目在两种计算方法下所放置位置的差异，就可能会出现根据纳税申报表填报的结果出现亏损，而按照所得税法及其实施条例计算的结果出现盈利两种截然不同的结果。对此，我们可以通过两个案例发进行比较。
案例一：
甲公司2009年实行产品销售收入1000万元，投资收益150万元(均为国债利息收入)。产品销售成本600万元，允许扣除的税金附加及各种费用支出100万元。甲公司2008年盈利，2009年适用的企业所得税税率为25%，无其他纳税调整事项。计算甲公司2009年应纳税所得额及应纳税额。
案例分析：国债利息属于免税收入，可直接从收入总额中扣除，无需纳税。甲公司2008年盈利，说明2009年不存在可以在税前弥补的以前年度亏损。
(一)按所得税法及其实施条例计算：
应纳税所得额=收入总额-不征税收入-免税收入-各项扣除-允许弥补的以前年度亏损
=(1000150)-0-150-(600100)-0 =300(万元)
应纳税额
=应纳税所得额×适用税率-减免税额-抵免税额
=300×25%-0-0
=75(万元)
结论：甲公司2009年应纳税所得额300万元，应纳企业所得税75万元。
(二)按纳税申报表计算：
利润总额
=(1000150)-600-100
=450(万元)
应纳税所得额
=利润总额+纳税调整增加额-纳税调整减少额+境外应税所得弥补境内亏损-弥补以前年度亏损
=450+0-150+0-0
=300(万元)
应纳税额
=应纳税所得额×25%-减免所得税额-抵免所得税额
=300×25%-0-0
=75(万元)
结论：甲公司2009年应纳税所得额300万元，应纳企业所得税75万元。
从案例一可以看出，由于甲公司2009年享受到税收优惠较少，用两种不同的方法计算，所得出的应纳税所得额和应纳税额不存在差异。
案例二
乙公司是一家经过认定的国家重点扶持的高新技术企业，该公司2009年收入总额1000万元，其中包括国债利息收入150万元，符合条件的财政性资金500万元，技术转让收入300万元，销售收入50万元。允许扣除的费用支出250万元，其中与技术转让相关的费用100万元。没有可以弥补的以前年度亏损。计算乙公司2009年应纳税所得额及应纳税额。
案例分析：乙公司是国家重点扶持高新技术企业，适用税率为15%。国债利息属于免税收入，符合条件的财政性资金属于不征税收入，技术转让所得属于减免税项目，根据实施条例第九十条规定，500万以下的技术转让所得免企业所得税。根据分析，分别按照所得税法及其实施条例和纳税申报表计算乙公司当年应纳税所得额和应纳税额。
(一)按所得税法及其实施条例计算：
应纳税所得额
=收入总额-不征税收入-免税收入-各项扣除-允许弥补的以前年度亏损
=1000-150-500-250-0
=100(万元)
应纳税额
=应纳税所得额×适用税率-减免税额-抵免税额
=100×15%-(300-100)×15%-0
=-15(万元)
结论：乙公司当年实现盈利100万元，但不用缴纳企业所得税。
(二)按纳税申报表计算：
应纳税所得额
=利润总额+纳税调整增加额-纳税调整减少额+境外应税所得弥补境内亏损-弥补以前年度亏损
=(1000-250)+0-【150+500+(300-100)】+0-0
=-100(万元)
结论：乙公司当年亏损100万元，不用计算缴纳企业所得税，且该亏损可以在以后五个纳税年度税前弥补，也就意味着乙公司可能会在以后5个年度节约15万元(100×15%)的企业所得税。但根据所得税法及实施条例规定的计算方法，乙公司当年并未出现亏损，也就不存在以后纳税年度税前弥补亏损的问题。
