昌吉职业技术学院王牌重点专业有电气自动化技术、机电设备维修与管理、电力系统自动化技术、电力系统自动化技术等,具体专业名单请参考以下整理资料。
自治区级特色专业：电气自动化技术、机电设备维修与管理、电力系统自动化技术、电力系统自动化技术。（清洁能源）
中央财政支持的高等职业院校提升专业服务能力建设专业：机电一体化技术。
自治区提升专业服务能力项目：机电设备维修与管理。
自治区首批示范校建设重点专业：机械制造与自动化焊接技术、热能动力设备与应用。
国家高技能人才培训基地重点建设专业：焊接技术。
| 教育部高职高专自动化技术类专业 | 变压器结构与工艺 | 2008年 |
自治区级 | 变压器结构与工艺 | 2008年 |
| 机械制造技术 | 2008年 | |
| 电气自动化技术实训 | 2009年 | |
| 建筑施工技术 | 2009年 | |
| 维修电工实训 | 2010年 | |
| 零部件的绘图与测量 | 2011年 | |
| 电机应用与维修 | 2012年 | |
| 生产线自动化技术 | 2013年 | |
| 药理学 | --- | |
| 天然药物提取分离技术 | --- | |
| 生化检验技术 | --- | |
自治州级 | 计算机应用基础 | 2013年 |
| 新疆地方菜制作 | 2013年 |
新疆昌吉职业技术学院是经国家教育部批准成立的一所公办全日制普通高等职业院校，学院是新疆首批“示范性高职院校”，是新疆维吾尔自治区教育厅批准具有单独招生资格的高职（专科）院校之一。2017年8月，学院入选为教育部第二批现代学徒制试点单位。
截至2015年12月，学校有位于昌吉国家高新产业开发区的新校区和位于昌吉市延安北路的职业技术学院两个校区。其中新校区占地894 亩，建筑面积24.3 万平方米；固定资产9.3 亿元。教学仪器设备总价值7250.58 万元，有各类实验（实训）室150个，校外实习、实训基地150 余个，图书馆藏书45余万册纸质图书
