全国一共有29所开设制药工程专业的大学参与排名，其中排名第一的是中国药科大学，排名第二的是沈阳药科大学，全部排名如下：
| 2014制药工程专业全国大学排名 | 大学名称 |
| 1 | 中国药科大学 |
| 2 | 沈阳药科大学 |
| 3 | 浙江大学 |
| 4 | 华东理工大学 |
| 5 | 青岛科技大学 |
| 6 | 四川大学 |
| 7 | 天津大学 |
| 8 | 河南中医学院 |
| 9 | 西南大学 |
| 10 | 沈阳化工学院 |
| 11 | 山东大学 |
| 12 | 郑州大学 |
| 13 | 湖南师范大学 |
| 14 | 山东中医药大学 |
| 15 | 长春理工大学 |
| 16 | 贵州大学 |
| 17 | 厦门大学 |
| 18 | 广州中医药大学 |
| 19 | 重庆大学 |
| 20 | 山东轻工业学院 |
| 21 | 中南大学 |
| 22 | 长春工业大学 |
| 23 | 广东药学院 |
| 24 | 江西中医学院 |
| 25 | 华南农业大学 |
| 26 | 河北科技大学 |
| 27 | 黑龙江中医药大学 |
| 28 | 海南大学 |
| 29 | 浙江工业大学 |
